Mỗi gen là một đoạn của chuỗi xoắn kép ADN chiếm một vị trí nhất định gọi là lô-cut trên nhiễm sắc thể mang ADN đó. Một gen có thể có những biến dạng khác nhau gọi là a-len. Ví dụ: theo Men-đen thì gen quy định màu của hạt đậu Hà-Lan có thể là A (quy định màu vàng) hay a (quy định màu lục). Ở ví dụ này, người ta nói: gen quy định màu của hạt đậu có 2 a-len là A và a, nghĩa là các gen này tương ứng với nhau, hay như hiện nay thường quen diễn đạt là “gen a-len” với nhau và chúng có cùng lô-cut. Một a-len trội có thể “lấn át” a-len lặn tương ứng với nó, như A “át” a thì vẫn được coi là có tác động với nhau, nhưng lại không được gọi là tương tác gen theo nghĩa trình bày ở đây. Trong trường hợp này có tác giả gọi là "tương tác trong một gen",[3] và có thể gặp các kiểu như: tương tác trội - lặn (A > a), tương tác đồng trội (A >< B >O), v.v.

Thuật ngữ “tương tác gen” trong tiếng Anh là epistasis, tiếng Pháp là épistasie, tiếng Nga là Эписта́з đều có nghĩa chính là chỉ sự tác động lẫn nhau giữa nhiều a-len khác lô-cut cùng quy định một tính trạng của sinh vật.